La cirugía craneofacial esta indicada en niños con malformaciones congénitas por: La falta de unión de estructuras faciales como: en el labio y paladar hendidos, la microsomía hemifacial en el que un lado de la cara no se desarrolla completamente, el síndrome de Goldenhar, el de Treacher Collins; Por la fusión prematura de los huesos del cráneo (craneosinostosis) como en el síndrome de Apert, la enfermedad de Crouzón, que tienen un crecimiento anormal del cráneo y del cerebro; así como en pacientes de cualquier edad que hayan sufrido un traumatismo craneofacial, y tengan fracturas agudas de cara, deformidades por fracturas antiguas, o defectos por ablación tumoral.